隐身陕西扶风延绥镇总兵李可秀家为西宾的武当派名宿陆菲青，
随主人新迁浙江水陆提督前往江南的途中，遇上参加“千里接龙头”仪式却被朝廷鹰爪困在三道沟客栈的红花会四当家文泰来与其妻骆冰，便出手相救，将他们荐至西北武林英雄铁胆周仲英处避难。适逢周仲英外出，以陆菲青之师弟、武当派高手、卖身清廷的火手判官张召重为首的朝廷鹰爪尾随前来，周仲英之幼子不慎透露出文泰来等人藏身之处，激战之余，文泰来被捕，骆冰与红花会坐十四把交椅的余鱼同逃出。周仲英外出归来，恼怒异常，失手打死自己的幼子。红花会众英雄赶来铁胆庄，因误以为文泰来被出卖，双方交手，混战一场。红花会新任总舵主陈家洛赶来以百花错拳胜周仲英，后得知周仲英之子只有十岁，才知错怪对方，握手言和。为救文泰来，众英雄堵截镖行车队与为抢回圣物《可兰经》的回族人相遇，陈家洛出手相救，与人称翠羽黄衫的族长之女霍青桐彼此钦佩，情愫互生。
李可秀之女徒李沅芷扮男装前来助战，与霍青桐欢笑戏闹，陈家洛遂生怀疑之心。霍青桐知陈家洛不满之因，告辞而归，临行前将自己珍藏的一把短剑赠送给陈家洛，并言其中隐藏着一个大秘密。此时文泰来己被张召重押走。红花会众人追至黄河边相救，却值清铁甲军路过此地，红花会众人被冲散。红花会七当家武诸葛徐天宏与周仲英之女周绮一直斗口，却危难之时遇在一处，互相照顾，彼此产生好感，在途中又救出被镖行捉住的周绮之母，于周仲英、陈家洛的主持下，订下终身。
在开封，为救因黄河决口而受灾的难民，徐天宏设计与众英雄一同抢了清朝大军的粮饷，发给百姓。余鱼同与众人失散以后，与李沅芷一同探得文泰来已被押往杭州，便设法留下记号，红花会众英雄遂直奔杭州。陈家洛游西湖之时，与一自称东方耳的人相识，和赵半山夜探巡抚衙时，却见乾隆皇帝驾临，即是自称东方耳之人。陈家洛大惊，被乾隆的贴身侍卫发现，陈家洛遂请东方耳与其共游西湖。西子湖上双方听曲谈心，颇为惬意；后双方比武，御前侍卫龙骏暗器输于红花会三当家千手如来赵半山，褚圆、白振为红花会二当家无尘道长的剑术击败，乾隆恼羞成怒，叫来大军，岂料杭州是红花会的根据地，人数众多，连军营中许多人都是红花会成员，乾隆只好悻悻而归。陈家洛得空回老家祭扫父母之坟，却意外遇见在这里偷偷扫墓的乾隆，深感不解。乾隆以陈家功大，自己感恩作解释，并请陈家洛不要将此事泄露，陈慨然应允。乾隆再三请陈家洛放弃江湖生涯，入朝为官，陈断然拒绝，双方约定互不伤害。
陈家洛赶回杭州，众人强攻提督府，在一蒙面人的指引下找到关押文泰来的暗室，但张召重设置种种机关，此次行动又告失败。镇远镖局总镖头威震河朔王维扬押送回部求和送来的玉瓶至杭州，被徐天宏设计获得，并以此和上次进攻提督府捉来的李可秀小妾作为条件，让陈家洛与文泰来相见，李可秀被迫答应。陈家洛与文泰来见，从文泰来处得知乾隆是自己的亲哥哥，物证在自己的师父天池怪侠那里之时，张召重返回，二人出其不意，点中穴位，将其击倒，文泰来遂假扮张召重而出，被李可秀识破，陈家洛只好独身而返。徐天宏设“卞庄刺虎”之计，让王维扬与张召重比武，张召重因前一天受挫于陈家洛、文泰来二人，比武失手，败后用计重伤王维扬，欲将之活埋。陈家洛率众豪杰赶至，将其活捉，此时陆菲青与其师兄、武当派掌门人马真赶来，马真向众人求情，并保证不容张召重再为非作歹，将其带走。
强敌一去，众人再攻提督府，李可秀及御前侍卫欲用炸药将众人一网打尽，藏身于李府中的金笛秀才余鱼同奋不顾身，以身体阻住火药线，救出文泰来及众人，自己却被烧伤，面目皆坏。陈家洛等一不做二不休，又借“花船点状元”之机，设计使名妓玉如意将乾隆引至家中捉住，囚在六和塔中，软硬兼施，情威并用，与乾隆一同订下驱清复明的大计。只有赶来刺杀乾隆的天山双鹰夫妻二人决不相信皇帝，不参加盟誓。红花会众人来至天目山，看望养伤的文泰来、余鱼同，并为徐天宏、周绮举行婚礼。李沅芷几次与余鱼同交往，对他一往情深，岂料余鱼同暗恋骆冰，对她毫不理睬。李沅芷追至天目山，误至徐、周洞房，众人虚惊一场。为反清复明，众人四散联络人手。余鱼同为避李沅芷坐船独行，遇上关东三魔及仇人言伯乾等，几次遇险，仗机警逃出，亏得李沅芷假扮他引开众人，才得脱险。他为情所苦，自觉对不住结义兄弟文泰来，又负李沅芷一片痴情，遂于宝相寺出家为僧。
三魔与言伯乾又来寻仇，认出余鱼同，正待出手，文泰来赶至，大显身手，击毙言伯乾等数人，但余鱼同心意已决，不辞而别。陈家洛为给回部送信，单骑匹马赶往西疆，途中遇见人称香香公主的霍青桐之妹，为其美丽所吸引，香香公主也爱上了陈家洛。二人赶至回部，适逢清征西大将军丁兆惠派使来下战书，陈家洛力折使者，为回人争光；香香公主自告奋勇，前往清军中下战书。陈家洛与香香公主在清军中遇见张召重，几乎被擒，而后又被当作诱饵，困于沙漠之中，亏文泰来等人赶到，方抵住张召重的进攻。霍青桐识破清军阴谋，欲以其人之道还治其人之身，却被父兄和部下所疑，忍辱负重，调兵遣将，终于大败清军。
胜后她带病出走，途遇关东三魔，几遭污辱，得师父天山双鹰赶到救出。陈家洛此时方知李沅芷女扮男装，后悔自己辜负了霍青桐的一片芳心，与香香公主一同追赶，途中先后遇见狼群和张召重、关东三魔、霍青桐，众人为抗恶狼暂时联手。陈家洛用霍青桐赠送他的短剑杀狼时，碰巧解开了其中的秘密，遂和霍青桐、香香公主逃出狼群，躲入一古洞中，并在里面根据《庄子》练习一套奇高的武功。
《书剑恩仇录》插图
《书剑恩仇录》插图(17张)
天池怪侠袁士霄为消灭群狼，设置一土城，用牛、马等将狼群引入城中。陈家洛用新学武功打败张召重，将其投入狼群之中。其间余鱼同得知师父马真被张召重所害，脱下袈裟誓为师父报仇，李沅芷借其报仇心切，设计陆菲青从中撮合，二人终于订下终身。陈家洛从师父处取得有关乾隆身世的秘证，又南下福建少林寺，欲了解义父被逐出少林的原因，经过五场比试，凭借武功与机智，弄清了全部事实真相。
周绮身孕在身，留在福建生产；陈家洛和其他英雄赶往京城。此时回部全军覆没，香香公主被擒，乾隆欲据为己有，香香公主宁死不从。陈家洛与乾隆相见，以国家利益为重，答应帮助劝说香香公主；香香公主含泪答应了陈家洛，后发现乾隆并不真想反清复明，遂自杀以示陈家洛。陈家洛伤心之余，抱着最后一线希望进入皇宫，险被毒死。众英雄大开杀戒，天山双鹰与红花会十当家章进身亡，最后捉住乾隆。
霍青桐正欲杀之为父、兄、妹及族人报仇时，安徽巡抚方有德突然怀抱婴儿出现。原来他与侍卫火烧福建少林寺抢得周绮之子来京向乾隆报功。他以婴儿性命相威胁，众人不忍见婴儿死于非命，遂放弃杀乾隆之念，活捉乾隆之私生子福康安出宫，迫使乾隆不与红花会为难。众人赶至香香公主之坟，打开后只见一滩碧血，香香公主的尸体已化作一缕香魂，陈家洛挥毫题上“香冢”二字，并作铭“浩浩愁，茫茫劫，短歌终，明月缺。郁郁佳城，中有碧血。碧亦有时尽，血亦有时灭，一缕香魂无断绝！是耶非耶？化为蝴蝶。”而后凄然而去，与红花会众英雄前往西疆栖身。